Après des études de violoncelle avec Paul Boufil , il décide de se consacrer au chant. C’est en suivant une formation auprès de Gaël de Kerret ainsi qu’à la Maîtrise du Centre de Musique Baroque de Versailles avec Olivier Schneebeli et Maarten Köningsberger qu’il obtient un diplôme supérieur de chant en 1995. Il a également eu la possibilité de se perfectionner auprès de Mireille Deguy, Ronald Klekampf, Montserrat Figueras, Jordi Savall, Maria-Cristina Kiehr, Margaret Hönig, Noëlle Barker et Jenifer Smith.Il participe aux productions d’ensembles tels que le Concert Spirituel (Hervé Niquet), La Capella Reial de Catalunya (Jordi Savall), les Musiciens du Louvre (Marc Minkowski), Capriccio Sravagante (Skip Sempé), le Parlement de Musique (Martin Gester), la Simphonie du Marais (Hugo Reyne)…
En 1996, il fonde Canticum Novum, ensemble en résidence à l’Opéra-Théâtre puis au sein de l’ancienne école des Beaux-Arts de Saint-Etienne depuis 2007, avec lequel il se produit en concert dans toute la France et à l’étranger.
Emmanuel Bardon est fondateur et directeur artistique du Festival « Musique à Fontmorigny » (Cher) depuis 1999. Il est directeur artistique du Label Fontmorigny.